第二年春天，总基地开始飞速发展，小型城池最终在这一年变成了大型城池，系统科技与安LAN科技的碰撞融合开辟了另一条全新的科技线。AI甚至都在PDK的帮助下有了身体，可以离开北部基地，并且也在逐步觉醒智慧。
在暗黑大陆这个特殊的环境之下，多种文明和科技的碰撞，让暗黑大陆走出了一条截然不同的路。
超级感染体的数量越来越多，但何以居的科技已经开始向外辐射，除了定期清理变异体和超级感染体的小队，从总基地流出的大量新型武器开始在暗黑大陆流通。
奇迹商队赚的盆满钵满，当然，何以居自己的商队也发展的非常不错。在这一年的秋季，何以居解锁了指挥中心的天赋，并且成功建造了第一个指挥中心，拿回了自己的充当指挥中心的壳。
何以居再次成为了一只有壳的蜗牛，摸着手上的空间戒指，低低叹息了一声。
这一年的冬季，总基地的居民有些炸锅了，因为他们的第二个指挥官也失踪了，当然，何以居离开之前留了信件，并且带走了【科技发展基地】建造的深海潜艇。
众人猜测他可能去了母河，只只是凛冬将至，他们不能离开去寻找，更何况他们还要再建造一艘潜水艇。
何以居虽然离开了基地，但新建造的指挥中心已经让基地完全可以自由发展。这大概就是基地发展到最终的模样，指挥官只是基地的引导者，并非领导者和掌控者，当有一天基地真的独立生存在暗黑大陆，那大概就意味着，指挥官的任务结束了。
至于何以居，则顶着风雪来到了母河，母河的河水格外冰冷，何以居还是走了进去，等走到足够深度便放出了潜水艇。在企鹅仔的帮助下设定航线，而目标就是巨型章鱼化石所在的那个无底悬崖。
“仔仔，爸爸带你去找另一个爸爸，然后罚他种一辈子白菜！”何以居摸着小企鹅的脑袋，小企鹅用翅膀抱住了何以居的手，回以安慰。
潜艇沿着海底裂缝，渐渐隐没在黑暗之中，沿着巨大的章鱼触角化石，何以居完全不担心迷路。再一次停留在巨大章鱼化石的附近，感受着深海巨兽的庞大。这只作为框架支撑的庞大生物，静静沉睡在深海悬崖的边沿，一半在深渊，一半在海底。
“这里应该就是次元门了，庞大到足够贯穿两个世界的生物，只是我们要从哪里进去？”何以居虽然反应迟钝，但他用了一年多的时间来仔仔细细回忆商九辕失踪前的点点滴滴，结合手机中查到的资料，最终确定，这里应该就是商九辕失踪前来的地方。
小企鹅用小翅膀摸了摸自己的嘴，然后指了指深海巨兽。何以居眉头一皱，“我们真的要进到它的嘴里吗？它不会突然活过来吧！”
小企鹅歪着脑袋思索片刻，然后叫了一声。
何以居虽然听不懂，却还是设定好航线，任由潜艇驶向黑暗，在找到巨兽的嘴之后钻了进去。
接下来就是一片漆黑，潜水艇的灯光也只能照射几米远的位置，似乎光线都被吸收了。在这种环境下前行是需要极为强大的心理的，否则时间一长，就容易精神崩溃，更何况你还在一只巨兽的肚子里。
何以居抱着企鹅仔一言不发，身体有些发僵，他感觉到了一阵阵的眩晕，似乎大脑中有什么要破茧而出。强烈的恐惧让他整个人都开始颤抖起来，小企鹅发现了他的异常，开始疯狂的叫了起来，并且在何以居怀里折腾，希望能唤醒何以居。
但小企鹅的声音在何以居的脑海中越来越远，越来越小，最后什么也听不见了，他仿佛被封闭了五感，他沉浸在一片沉沉的死寂之中，又或者他已经死了，这就是死亡后的世界。
想到这里，何以居竟然没有那么害怕了，甚至开始考虑，自己死亡之后，找到商九辕的几率有多大。
他的脑海中开始缓慢的拨弄小算盘，想着商九辕如今可能的情况，想着自己在黑暗中找到他的可能性。
突然，一束微弱的光线投射了下来，企鹅仔熟悉的叫声在耳边响起，何以居睁开了眼睛，发现自己正躺在潜水艇的地板上，小企鹅正伸着小翅膀搭在他的额头上，似乎在检测他的体温。看到他醒了，小企鹅高兴的扑了上来，拼命的蹭着何以居的脸颊。