自从柯南被带走之后，赤井秀一一刻不停的准备营救工作，这天他打听到德川启光和中川去了横滨，基地只剩下gin和贝尔摩得两名干将和一些其他组织成员。赤井秀一做好准备，茱蒂和其他三名FBI干将突破外围，自己独自一人和贝尔摩得较量。这几日柯南一直处于昏迷的状态，子弹虽然取出，但是身上的病菌却时时使自己出现幻觉，然后浑身不由自主的疼痛，但是柯南始终在监听着外面的动向，企图找到解决病菌的方法。
营救工作外围很是得力，其中一名探员伪装成了自己的模样，自己则易容成东正家光，深入了基地内部。就在快靠近牢笼的一刹那，赤井看见了贝尔摩得举着枪看着自己。赤井秀一则从容淡定地说：“快点速战速决！中午德川就会回来！”没想到贝尔摩得却说：“我虽然和你曾经有仇恨，但是今天我不是找你来打架的，我知道你是来解救那孩子的，boss今天竟然还是忘不了那个女人，那么今天我也没有必要去忠于他，劳姆！”从贝尔摩得身后出现了一个黑衣男人，正是听从于贝尔摩得的劳姆。劳姆身上背着一个已经昏厥但是浑身是血的男孩，正是柯南。劳姆将柯南交给了赤井秀一之后遁隐在了贝尔摩得身后，赤井看着贝尔摩得的眼神并不像是圈套，说：“我不知道你为什么这次要帮我，但是还是希望你弃暗投明，不要永远跟着德川做那发黑的金苹果。”贝尔摩得说：“不用你担心，我知道自己该怎么办。”而在柯南被放到车上时，在外围的茱蒂已经坚持不住和gin的对抗了，在伤了两名FBI探员之后，茱蒂成功撤退。当gin回到牢笼查看柯南的时候，却看见了劳姆扶着已经受了枪伤的贝尔摩得。而柯南被赤井秀一载着秘密回到了博士宅......
☆、回归
gin走进牢笼，看见劳姆正在扶着贝尔摩得，显然贝尔摩得伤到了胳膊，gin看见牢笼已经打开，柯南已经不见身影，gin皱着眉头说：“劳姆，苏特恩哪里去了？”劳姆看着gin,用略带恨意的声音说：“都是因为你和FBI在外面周旋，才让赤井秀一跑了进来，伤了贝尔摩得，救走了苏特恩那个叛徒。”“什么？赤井秀一？”自己不是刚刚才在外面决战的时候将他的肺部打穿么？gin转念一想：“一定是那个家伙易容跑到了这里。”Gin对劳姆说：“马上把她的伤治好！boss今天去横滨办事，咱们却把苏特恩给弄丢了，全力派人去找！”
正当组织忙着找柯南的下落时，柯南已经被赤井秀一秘密载着去了博士宅。博士正在电脑前研究他的新发明，幸子在看电视，丝毫不知道柯南被自己父亲带走的消息，灰原则这几日一直在地下室的研究所，心中隐约也有些不安：“工藤已经好几天没有下落了，该不会是出了什么事情吧？”博士突然听见一阵急促地敲门声，打开门一看，正是赤井秀一背着浑身是血的柯南。博士大惊：“赤井先生，新一怎么成了这副模样？”赤井说：“博士，快关门，工藤受了重伤。”幸子听见博士喊“新一”知道是柯南回来了，兴奋的跑向门口，却看见了已经成了血人的柯南。幸子看见这副情形，已经吓哭了：“柯南！怎么成了这样子？”在幸子的心中，柯南一直是她坚定的路标和方向，只要想起柯南，幸子就会觉着特别安全。灰原走进客厅，对赤井说：“麻烦将他放在沙发上，我检查一下他的伤势。”
在等待了半个小时之后，灰原对大家说：“工藤的枪伤虽然不重，但是他却被注射了组织新开发的病菌，这种病菌十分厉害，能够让人产生昏厥，之后慢慢腐蚀身体，如果没有临时解药，十天之后就会死亡，现在三天已经过去，工藤内心却有一种坚强的意志在与之抗衡，而七年前工藤被灌下的Aptx4869□□，现在竟然被病菌侵蚀，也就是说，现在必须给工藤用解药让他恢复24岁的身体，然后再想办法解决病菌问题。”众人一听更是大吃一惊，博士说：“小哀，难道你已经开发出解药来了吗？”灰原低下头，许久才说道：“在工藤回来的那天中午之后，我听完了母亲留给我的全部磁带，母亲提到了药品的结构，而且不久之前已经开发出来了。”博士更是一惊：“那么小哀，你为什么不自己用呢？”灰原说：“仔细想了想，做个单纯的国中生似乎是一个很好的选择，我不想再回到宫野志保被组织控制的生活了。”转眼看了看昏厥的柯南，继续说：“而工藤还有活下去的理由和一直等待他的人。”这句话说出来，全场人为之动容。