杨镐全军覆没，朝廷派熊廷弼去守辽东。万历四十六年七月，熊廷弼刚出山海关，铁岭已经失陷，沈阳及附近诸城堡的军民纷纷逃窜。熊廷弼兼程进入辽阳。经过神宗数十年来的百事不理，军队纪律荡然，士无斗志，骑兵故意将马匹弄死，以避免出战，只要听到敌军来攻，满营兵卒就一哄而散。熊廷弼面临的局面实在困难已极。军饷本已十分微薄，但皇帝还是拚命拖欠，不肯发饷。神宗见边关上追饷越迫越急，知道挨不下去了，可是始终不肯掏自己腰包，结果想出了一个对策：再加田赋百分之二。连同以前两次，已共加百分之九，然而向百姓多征的田赋，未必就拿来发军饷，皇帝的基本兴趣是将银子藏之于内库。边界上的警报不断传来，群臣日日请求皇帝临朝，会商战守方略。皇帝总是派太监出来传谕：“皇上有玻”吏部尚书赵焕实在忍不住了，上奏章说：“将来敌人铁骑来到北京城外，陛下也能在深宫中推说有病，就此令敌人退兵吗？”神宗看了这道讽刺辛辣、实已近乎谩骂的奏章，只是心中怀恨，却说甚么也不肯召开一次国防会议。
神宗搜括的银锭堆积在内库，年深月久，大起氧化作用，有的黑得像漆，有的脆腐如泥土，就是不肯拿出来用。但他终于死了，千千万万的银两，一两也带不去。神宗，神宗，真是“神”得很，神经得很！
①崇祯时任大学士的徐光启在《庖言》中说：满洲人旧都北门，居住的大都是铁匠，延袤数里。在当时那便是一个规模庞大的兵工厂组合了。因此满洲兵的盔甲精良，头盔、面具、护臂、护手，都是精铁所制，马匹的要害处也有精铁护具。但明兵盔甲却十分简陋，除了胸背有甲之外，其余部分全无保护。满洲兵冲到近处，专射明兵的脸及胁，中箭必死。又据当时明人程令名说，努尔哈赤所居的都城“北门外则铁匠居之，专治铠甲；南门外则弓人、箭人居之，专造弧矢。”
②熊廷弼于八月二十九日上书朝廷，陈述辽东明军情况：“残兵……身无片甲，手无寸械，随营糜饷，装死扮活，不肯出战……点册有名，及派工役而忽去其半；领饷有名，及闻警告而又去其半……将领皆屡次征战存剩、及新败久废之人，一闻警报，无不心惊胆丧者……见在马一万余匹，多半瘦损，率由军士故意断绝草料，设法致死，备充步兵，以免出战，甚有无故用刀刺死者。……坚甲利刃，长枪火器，丧失俱荆今军士所持弓皆断背断弦，所持箭皆无羽无镞，刀皆缺钝，枪皆顽秃。甚有全无一物而借他人以应点者。
又皆空头赤体，无一盔甲遮蔽。……闻风而逃，望阵而逃，惧战而逃。顷闻北关信息，各营逃者日以千百计。如逃止一二营或数十百人，臣犹可以重法绳之。今五六万人，人人要逃。虽有孙吴军令，亦难禁止。”
③万历四十八年三月，熊廷弼上奏：“四十七年十二（疑为“一”字）月赴户部，领饷二十万两，十二月领饷十万两，四十八年正月领饷十五万两，俱无发给……岂军到今日尚不饿，马到今日尚不瘦不死，而边事到今日尚下急耶？军兵无粮，如何不卖袄裤杂物？如何不夺民间粮窖？如何不夺马料养自己性命，马匹如何不瘦不死？而户部犹漠然不一动念。”他说户部犹漠然不一动念，是客气的说法，漠然不动一念的，当然是皇帝自己。
④“他日蓟门蹂躏，铁骑临郊，陛下能高拱深宫，称疾却之乎？”
⑤户科给事中官应震言：“内库十万两内五万九千两，或黑如漆，或脆如土，盖为不用朽蠹之象。”
⑥大陆考古工作者发掘帝皇坟墓，偏偏拣中了神宗的“定陵”，改建为博物馆，称为“地下宫殿”。
神宗死后，儿子光宗只做了一个月皇帝就因误服药物而死。光宗的儿子朱由校接位，历史上称为熹宗，年号天启。光宗做皇帝的时间极短，留下的麻烦却极大，明末三大案梃击、红丸、移宫，都和他的皇位及生死有关。众大臣分成两派，纷争不已。纷争牵涉到旁的一切事情上，只要是对方一派之人所做的事，不论是对是错，总是拿来激烈攻击一番。
熹宗接位时虚岁十六岁，其实不满十五岁，还是个小孩子，他对乳母客氏很依恋。这个客氏很喜欢弄权，在宫里和太监魏忠贤有点古怪的性关系。宫里太监和宫女很多，为了寂寞而互相安慰，大家私下恋爱，然而太监是阉割了性机能的阴阳人，所以这既不是异性恋爱，又不是同性恋，当时称为“对食”，意思说不能同床，只不过相对吃饭，互慰孤寂而已。魏忠贤做了客氏的对食，渐渐掌握了大权。熹宗是个天生的木匠，最喜欢做的事，莫过于锯木、刨木、油漆而做木工，手艺高明得很。魏忠贤总是乘他做木工做得全神贯注之时，拿重要奏章去请他批阅。熹宗怎肯放下心爱的木工不理？把手一挥，说道：“别来打扰，你瞧着办去吧。”于是魏忠贤就去瞧着办了，越来越无法无天。朝里自有一批谄谀无耻之徒去奉承他，到后来，魏忠贤成了实际上的皇帝。熹宗是“万岁”，有些官员见了魏忠贤叫“九千岁”，表示他只比皇帝差了一点儿。到后来，个人崇拜更是大张旗鼓，搞得如火如荼，全国各地为魏忠贤建生祠。本来，人死了才入祠堂，可是他“九千岁”老人家活着的时候就起祠堂，祠中的神像用真金装身，派武官守祠，百官进祠要对他神像跪拜，那是货真价实的个人崇拜。魏忠贤本来是个无赖流氓，年轻时和人赌钱，大输特输，欠了赌帐还不出，给人侮辱追讨，实在吃不消了，愤而自己阉割，进宫做了太监。他不识字，但记性很好，是个完全没有受过教育的赌棍。当世第一大国的军政大权却落在这样的人手里。熊廷弼在辽东练兵守城，招抚难民，整肃军纪，修治器械，把局面稳定下来。他所接手的那个烂摊子，给他整顿得有些像样了。满清见对方有了准备，就不敢贸然来攻。但朝里敌对一派的大臣却来跟他过不去，不断上奏章攻击，说他胆小，不敢出战；说他无能，不能尽复失地。于是朝廷革了熊廷弼的职，听候查办，改用袁应泰做统帅。袁应泰是第一流的水利工程人才，一生修堤治水，救济灾民，大有功劳。他性格宽仁，办事勤勉，打仗却完全不会。满清努尔哈赤得知熊廷弼去职，大喜过望，便领兵来攻。袁应泰率军应战，七万兵大溃。清兵占领沈阳，又击破了明军的两路援军，再攻辽阳。明兵又大败，满兵取得军事要塞辽阳。军事局势糟糕之极，朝廷束手无策，只好再去请熊廷弼出来，惩罚了一批上次攻击他的官员，算是给他平气。可是兵部尚书张鹤鸣和熊廷弼意见不合，只喜欢马屁大王巡抚王化贞，嘱咐王化贞不必服从熊廷弼指挥。
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