葡萄牙人在澳门的得寸进尺是有预谋的，他们航行全球的时候，所到之处无不烧杀抢掠，霸人财物，那位世界航海史上的牛人达?迦玛在印度就干过欺男霸女的丑事。葡萄牙人到了澳门，肚子里的坏水又开始外冒。1560年，居住在澳门的葡萄牙人组织了包括三名最高长官：地方长官、大法官与主教的自治机构；更让大明帝国蒙羞的是，这一自治机构规定：每一个在澳门出生的、具备法律资格的葡萄牙国王陛下的自由臣民，都有投票选举的权利。来自葡属领土其他地区的自由臣民，只要在澳门结婚或定居，也具有投票权，除非法律规定他们丧失资格。
葡萄牙人借着贸易的借口，开始在王土上自己当家。这是何其猖狂！
市政委员们负责各类市政事务。法官们负责审查市议会通过的各项命令是否违反既定的规则和法律，也对民事、刑事案件作出判决，如有不服，起诉者可以向澳门的大法官上诉，或者向由六名部长组成的（包括大法官及由印度总督任庭长的）果亚最高法院上诉；在大多数情况下，果亚最高法院的判决是决定性的。检察官负责稽核澳门的公共建筑物，对应该进行的维修提出建议，并执行市议会的命令并代表澳门的葡萄牙人与香山县令打交道。
更让大明帝国生气的是，葡萄牙人还在帝国的土地上收税。葡萄牙在澳门的市政议会任命的财政官负责征收澳门自治机构的年收入，其中大部分来自向葡萄牙商船征收占货物5％价值的商业税。很多到港货物没有销售，商人没有现金缴纳商业税，财政官就让商人用货物抵税，之后财政官再将货物运到广东等地出售，充实市政议会的财政收入。财政官每年要出席两次市议会的会议，报告财政收支情况，一旦出现财政困难，市政议会就要向商人贷款，发动捐献或征收人头税和财产税。
葡萄牙人是铁了心要从大明帝国手上夺取澳门。他们不仅收税，自治澳门，还在澳门雇用武装士兵，最高行政长官都是拥有武装部队的商人，中日贸易船队的大船长必须经?过葡萄牙国王任命，大船长也是武装部队的司令。当大船长的船队往返日本途中停靠澳门的时候，大船长就是澳门葡萄牙人自治机构的最高长官兼武装部队司令官。澳门最高长官受制于葡萄牙殖民地印度果亚政府及里斯本葡萄牙中央政府。
澳门的市政议会让大明帝国的官员发懵了很长时间，这些洋鬼子怎么那么怪异呢？在等级森严的大明帝国，长官就是父母，一切都是权力说话。葡萄牙人自己很快也被自己的小聪明弄懵了。由于中日贸易船队需购入中国货物及等候西南季风，要在澳门停留10个月到1年时间，加上嘉靖皇帝期间再度禁海，葡萄牙商船在中国的货物采购往往无法在最佳的航行季节全部完成。第一拨到达澳门的船队还没有离开，第二拨就来了，这样一来，澳门就出现了两个甚至三个葡萄牙大船长，而规矩又是“大船长就是最高长官兼武装部队司令”，现在几个一起现身，市政议会到底谁是真正的最高长官呢？
出大乱子是早晚的事。1564年，两个大船长都抵达澳门，开始争权夺利，急红眼的两位船长开始如泼妇骂大街。可能是葡萄牙人的原?始基因作祟，当年达?迦玛到达印度，当地人嘲笑他运来的货物低劣，这位爷曾一边辱骂印度人一边挥刀抢劫。现在两位船长骂着骂着，觉得没什么意思。既然大家都有权调动部队，干脆来点男人的较量：动武。急红眼的两位大船长拉着各自的心腹要火并，这时天主教赶紧站出来充当和事佬，苦口婆心地告诉两位船长，这是在大明的地盘上，你们两个一旦火并，两广总督的大部队开到澳门，我们都得滚蛋，你们自己好好想想后果吧。
两位即将火并的大船长只得瞪着牛眼，在主教笑眯眯地教育下握手言和。这事很快就捅到葡萄牙国王那里。这还了得，简直丢人丢到家了，都是国王任命的大船长，怎么到了澳门就火并呢？这个问题的更主要责任在国王那里，是他将殖民权力赋予了商人。在利益面前，商人有了最高长官这件护身符，做生意的时候自然得心应手，最后赚钱最多的回国就能得到英雄般的礼遇，大船长在澳门不火并才怪。葡萄牙国王一生气便下令：若遇到两个以上大船长到达澳门的情况，由最早到达的大船长担任最高长官执政。
葡萄牙人解决了内部矛盾，大明帝国的万历皇帝心里却仍不舒服。张居正在世时，就看不惯葡萄牙人在大明帝国的土地上当家。于是向万历皇帝保举了陈瑞，命他总督两广。在1580年，陈瑞专程到广东去处理葡萄牙人在澳门当家的事情。一到广东，就给澳门最高行政长官香山县令发了一个通知：让香山县令通知葡萄牙人，要澳门葡萄牙人的地方长官、大法官与主教到广州解释为什么在中国的领土上，未经?许可便以他国而非中国的法律来管理澳门。
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