首先出现的大问题，是慰问金、补偿金及医疗、复健、看护等费用的支付过程。
从事发的一九九七年十月到陈水扁卸任的一九九八年十二月，陈水扁为了解决此事，动用人民的纳税钱高达新台币三千九百四十六万七千余元，而马英九接任市长后，基于法人延续原则，接续陈水扁曾经向受害者协议的承诺，在一九九九年持续动用第二预备金四百零五万元，支应受害者的医疗、复健费用，市府的支应须永远承担，因为陈水扁以白红黑字承诺在医疗、复健，甚至工作上，要照顾他们一辈子。
不明就里的人会觉得陈水扁的做法很对，很有“爱民如子”之心，愿意挺身以违乱法纪的做事风格，来完全满足受害民众的要求。
而实际上显非如此。比如，顾问金的发放标准不一，两位最严重的断臂民众，各获发二十万元，但颈部淤血肿胀的孙柑林获发二十五万元。而另外获发二十万元的有蒲清旁、朱永川、洪俪玲。其余受害者都获发五万元。
违法发放补偿金杜悠悠众口
补偿金的发放过程可就惹人争议了，陈水扁为了立刻塞住民众的口，甚至希望受害者能美言陈水扁，便以逾越法令规范的方式恣意发放补偿金。其实“依法行政”的做法，陈水扁应积极协助受害者申请政府赔偿，但申请政府赔的时间较久，陈水扁怕日久生变，惹来更多批评，便极力扩大市长的权限“便宜行事”起来。再者，如申请政府赔，受害者依法获赔后，相关市府官员，包括陈水扁，依法得负起行政疏失及被政府求偿的责任。也就是说，陈水扁如协助民众走政府赔的路，等于是在搬砖头砸自己的脚。因为受害人政府赔成功时，陈水扁市府团队可能会为了负起行政及偿付责任垮台。
于是，陈水扁选择了“非法”的途径，动用自己的第二预备金（俗称市长零用金），支付大笔的补偿金。
其中，断臂的陈铭国、杨炯明各获赔六百万元，肝裂伤内出血的蒲清旁获补偿八百万元，右手撕裂伤的朱永川获赔四百五十万元。
当然，除了这笔补偿金外，陈水扁满口答应他们为其医疗、复健一辈子，并将其中某位在区公所任职的受伤公务员连升三级，严重破坏政府人事制度，公务员如为执行其本身职务上的公务，不幸受伤，理应大加叙奖升级，但公务员参加公余拔河活动受伤，就能快速升官，岂不怪哉。
问题是，陈水扁发放补偿金基本上是毫无标准的。比如慰问金发放最高的孙柑林，就没有另外得到半毛补偿金。因毫无标准，便惹来另外一位右手腕开放性骨折的受伤民众张忠厚不满，把陈水扁及事发时担任新闻处长的罗文嘉等一干人，一状告进台北市地方法院。
这一状可能会把陈水扁告得“破功”，因为陈水扁好不容易以柜面下运作的方式耗了三千多万元，眼见事情就要摆平，却在一九九八年市长选战开打时，杀出了张忠厚这个“程咬金”。
在一切为胜选，视人民纳税钱如无物的情况下，请假参选中的陈水扁指派时任副市长的林嘉诚，与张忠厚签下“哀的美敦书”（即降书），协议的时间是一九九八年十一月二十七日，距离市长投票日只剩一个礼拜。
同时，陈水扁等人也在一九九八年十二月四日市长投开票前夕，获得台北地方法院检察署检察官不起诉处分书。
牺牲纳税人一切为胜选
陈水扁与张忠厚协议的内容主要分四点：
一是陈水扁拿人民纳税钱五百万元，补偿张忠厚。
二是市府全额负担张忠厚未来一切必要的医疗、复健费用。
三是市府协助张忠厚就业，并保障张忠厚工作的继续，直到张忠厚自行离职或依法令规定必须离职为止。
四是张忠厚撤回原告诉。
社会大众如理性来看待这份协议书，就会发现陈水扁居然可以为了一己市长之胜选，就偷偷地、恣意地牺牲纳税人的权益，签下这样完全不合常理的协议书，如果手腕开放性骨折的伤害，市府就须赔偿五百万元，还得保障其一辈子工作，那么政府的现行法令可以完全停摆。如陈水扁真的有诚意，为何不拿出他自个儿“福尔摩沙基金会”的钱来支付呢？用“荒唐至极、为所欲为”八个字来形容陈水扁的做法，应不为过。
谁敢想象，哪一天陈水扁不会为了成就一己的名利，偷偷以一纸协议书牺牲掉整体台湾人民的权益？
令人不平的是，另有一位左锁骨骨折，伤害比张忠厚严重的洪俪玲，只因不懂得去告陈水扁，结果前后只获发二十万元慰问金。这就是陈水扁平日常挂嘴边的公平、正义吗？
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