李鸿章最终改变了主意，于1880年11月11日上奏朝廷：
闻日本公使户玑在总理衙门催结球案，明知中俄之约未定，意在乘此机会图占便宜。臣愚以为琉球被废之时，中国以体统攸关，不能不亟与理论；今则俄事方殷，中国之力暂难兼顾。且日人多所要求，允之则大受其损，拒之则多树一敌，唯有用延宕之一法最为相宜。盖此系彼曲我直之事，彼断不能以中国暂不诘问而转来寻衅。俟俄事既结，再理球案，则力专而势自强。……此事可缓则缓，冀免后悔。
意思是说，我们现在是进退两难，跟日本签约我们的损失很大，不签就多加了一个敌人，俄国就够头疼的了。分析来分析去，我觉得还是采取拖延的办法最合适，等到我们跟俄国的矛盾解决了，再跟日本解决琉球问题。眼下跟日本签约这个事能拖就拖，并提出了具体的战术：
俟三月限满，倘俄议未成，而和局可以豫定，彼来催问换约，或与商展限、或再交延议。若俄事于三个月内即已议结，拟请旨明指其不能批准之由，宣示该使。即如微臣之执奏、言路之谏诤、与彼之不能释放球王、有乖中国本意，皆可正言告之者。
总之，若三个月内与俄国的问题仍未解决，再与日本方面商议；若在三个月内得到了解决，就告诉日本我们不批准琉球分割条约。这样清政府就采取了拖延政策，前面两国不都商量好了吗？就只等中国签字了，日本着急，多次催促赶紧签字，可清政府这边就是不做反应。那边宍户公使很生气，气的就回国了，走之前还对清政府提出了严厉批评，清政府一看他走了也严厉批评他。你怎么回事，谈判还没结束你怎么就能走呢？你这很不对。双方就在这种批评与反批评中纠缠着，条约也没签成。随着中俄签订了《伊犁条约》，中俄矛盾解决，关系缓和之后，清政府对日本给出了明确的态度，就是不批准条约，而琉球问题也就此搁置了下来。自此之后，整个琉球都陷入漫长无尽的黑暗当中，落入日本的武力统治之下。
日本殖民统治
1.《七子之歌》
日本明治政府此后在全琉球范围内，收缴过去行政机关的全部公文、账册等文字资料，企图用销毁旧有政权所有痕迹的办法来掩盖其侵略罪行。琉球人民不满日本的残暴行为，武装抗争持续不断，双方就在此起彼伏的斗争中对峙，直到1894年中日甲午战争爆发，琉球人民看到了斗争的希望，而随着1895年清政府战败，被迫割让台湾、澎湖给日本，中国在琉球问题上更加没有了话语权，琉球人民也再次陷入茫茫无尽的等待之中。而日本的统治却更加变本加厉，1898年，日本政府强迫琉球人民服兵役，并且把琉球人当作“贱民”看待，对琉球施行残酷的殖民统治。1916年，日本殖民当局召开冲绳教师大会，强迫教师以侮辱性手段惩罚说琉球语的学生，以剿灭琉球的语言和文化。其后几十年，不断有因说琉球语而被逼跳崖或惨遭杀害的事件发生。日本在琉球的殖民统治不仅遭到琉球人民的反抗，还引起世界人民的不满。1925年，中国著名文化学者闻一多创作了脍炙人口的《七子之歌》，其中就提到了琉球：
台湾
我们是东海捧出的珍珠一串，
琉球是我的群弟，我就是台湾。
我胸中还氲氤着郑氏的英魂，
精忠的赤血点染了我的家传。
母亲，酷炎的夏日要晒死我了；
赐我个号令，我还能背城一战。
母亲！我要回来，母亲！
琉球人民的反抗、世界人民的同情并没有使琉球走上安定幸福之路，相反，又一场大的灾难降临到了琉球的土地上。
2.姬百合死亡事件
1945年第二次世界大战末期，美军进攻冲绳岛，发起了冲绳岛战役，美日军队在琉球展开了惨烈的战斗，日本法西斯拼死抵抗，并要求当地老百姓也加入战斗，甚至要求他们在面临被俘的危险时自杀。而一支叫做“姬百合”的随军救护队也随之诞生，它是由冲绳县立第一女子高等学校的师生组成的战场救护队，负责在炮火密集的战场上抢救伤员。在美军攻占冲绳岛后，她们退到黑暗的洞窟里，拒绝出来投降，最后全部拉响了随身携带的手榴弹自杀，而她们大都是16岁左右正处在“花季”年龄的少女。据史料记载，像姬百合这样惨死的少女成千上万，那些花季少女们一个个拉响了手中的手榴弹。她们的亲人大都惨死在战场，她们也被逼绝望地选择了死亡。更为残酷的是，当日本即将战败，不得不接受《开罗宣言》、《波茨坦公告》，归还一切占领土地时，日本又在人类历史上制造了一起大灾难。1945年4月，日本政府以“担心琉奴带领支那（中国）人清算日本”为由，下达所谓“玉碎令”，要当地驻军杀光琉球人。据不完全统计，在美军攻入琉球前，日军共屠杀琉球民众26余万人，屠杀规模与南京大屠杀相当。
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