上海的租界非大清国捕快之力量所能及，每当清朝当局欲逮捕重要人犯时，必先“照会”工部局（租界的行政机关）。但即使先经照会，若是###则大都会遭到拒绝。
清朝当局亟欲处决章炳麟与邹容，但领事团方面坚持拒绝引渡二人。清朝方面聘请外国人律师，以侮辱清帝及教唆杀人等罪名欲定二人之罪。又拿出十万两银子企图影响事件审理人，另为买收工部局，也使出了以金块行贿的手段。
《苏报》所载文章中有如下侮辱皇室之语：
——载湉（光绪帝之名）小丑，未辨菽（豆）麦。（“未辨菽麦”语出《春秋左氏传》，指愚者之意。）
——杀满、杀满之声已腾众口。
——汝辫发左袵（左襟衣裳）之丑类。
——杀尽胡儿方罢手。
另外，还从大清国禁书《扬州十日记》、《嘉定屠城纪略》等记载满洲人残暴史事的书中引用多处。这些书籍在大清国光持有便是死罪一条，在日本则经常被传阅，也在日本刊行出版，当然受到留学生的广泛阅读。
在《革命军》中，邹容痛骂讨平太平天国的清朝名臣曾国藩、左宗棠与李鸿章三人是奴隶根性的代表者。
此乃言论，以之判定死刑在租界方面无法让人信服。但大清国却不敢相信这样还无法将其判死罪。
——就算查明有可判死刑之罪证，也无法将之引渡。
租界的工部局态度更趋强硬。
——跟之前清朝的照会有些不一样。好像有什么蹊跷似的。
——在张园引起反对运动的王之春很生气，好像已经挑拨恩寿要将那些人全抓起来。
张园位于上海的租界区，是中国教育会常利用的一处场地。
江西巡抚王之春为平定国内频仍的“匪乱”，向朝廷建议找法国借款并借用法国的军队。此举当然遭到革命派大声挞伐，一时之间张园兴起反王之春的演说热潮。
据说激动不已的王之春便照会江苏巡抚（省长，管辖区包含上海在内）恩寿，要求其逮捕犯人。这也是理所当然之事。
因清朝强烈要求，租界工部局便暂且同意逮捕。章炳麟遭逮捕，邹容则是自首到案。
清朝方面又提出引渡要求，工部局加以拒绝。
孙文从河内返回日本是在一九○三年的七月中旬，正值事件发生不久后。
章、邹二人虽免于遭引渡回大清国，但却被判在上海终身监禁。后因英国公使的从中斡旋，章才又获减刑被改判为三年徒刑，邹则改为两年。
清朝政府拼命努力，一心想处决二人。除这二人之外，其余的涉案人皆可释放，唯独坚持要引渡二人。但此事遭领事团方面反对，清朝便退让一步，只要能将其引渡则愿减罪一等不判死刑。领事团不为所动，继续拒绝引渡。
此时，美国上海总领事的意见其实倾向于若大清国坚持引渡，则无妨答应，但被国务院获知此事后，该总领事便遭调职，因为美国也希望以强硬姿态维持治外法权。
当孙文回到日本时，在日本已有许多来自中国的留学生及遭清朝官府视为眼中钉的反对派人士。当时日本的学制是新学年从九月起算，所以每到七、八月，为办理新学年相关事宜，便有比平常更多的学生涌至。
上海的《苏报》在七月七日停刊，因蔡元培赴德，其母体中国教育会便由黄宗仰接掌。由于感到自己也有危险，黄宗仰便离开上海到日本避难。
孙文从河内归来，在日本初次与黄宗仰见面。此时，和孙文是西医书院同窗的廖翼朋也以商人身份来到了日本。他们共同在横滨山下町本牧桥附近租借了一间洋楼。
黄宗仰与廖翼朋住一楼，孙文住二楼。此租屋处访客络绎不绝。在正月的集体拜年活动中预备发表演讲的马君武、刘成禺，还有旧金山的华侨子弟廖仲恺及其正在学习女子美术的妻子何香凝等，都是山下町的常客。
这些人每天畅谈到深夜。
在孙文赴河内期间所发生的《苏报》案，其概要由华侨温炳臣等人做详细报告。
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