除了时间的非连续性之外，博尔赫斯的另一个主题则是时间的非逻辑混乱，这种混乱与语言（表述）本身的逻辑性要求构成了矛盾，两者之间的缝隙正是博尔赫斯非凡的想象力得以驰骋的空间。《巴别图书馆》是一个很好的例证，另一个例证更为著名，那就是《曲径分岔的花园》（一译《交叉小经的花园》）。
为了分析的方便，我们不妨将《曲径分岔的花园》分为两个部分：“故事”和“哲学”。我们先来说说“故事”的这个部分，它的确有些类似于美国或欧洲的间谍小说，情节安排十分紧凑，扣人心弦。
一个黄种人（作者暗示他是中国人），第一次世界大战中为德国人做间谍。他发现了英国人布置了十三师的兵力（在1400门大炮的支持下）准备于7月24日向塞尔——蒙托榜一线发动攻击。英国的炮兵阵地在安克雷（又名阿伯特），这是一份重要的情报，他必须尽快将它报告给德国军方。问题是，他在得到这一情报的同时，一直在缉捕他的英国特工马登上尉也恰好发现他的行踪（时间发生了不可思议的重叠）。于是间碟在马登上尉的追捕下，开始逃亡。这名间谍知道，他一旦被马登发现，是很难逃脱的，他必须在被马登抓住或打死之前将那份重要的情报送出去。要完成这件看来是不可能完成的使命，也只有一小段的时间可以利用。这段时间的长度恰好等于他与马登上尉之间的距离。其次是方式，他怎么才能把这份情报送出去呢，他灵机一动，想出了一个绝妙的方法（也只有博尔赫斯才会为他的主人公想出这么一个方法）：打死一个名叫阿伯特的人（我们已经知道，阿伯特是安克雷的别名）。他希望报纸对于这个名叫阿伯特的人突然被打死的报道，能够让他的德国元首有所警觉从而能由这个人的名字猜到英军炮兵阵地的地名：安克雷（阿伯特）。他从电话号码簿上查到了一个名叫阿伯特的人，他住在范顿（这一行为是随机的，了解这一点，对于理解这篇小说十分重要）。于是这名间谍跳上一列火车，赶往范顿。他心里只有一个愿望，就是在被马登抓住之前杀死那个名叫阿伯特的人。
故事讲到这里，我们忽然发现，一个与事件原本毫无关系的人，阿伯特，已经被硬拉进了这个事件中来了，并成了某种关键的因素，具有荒诞意味的是，这个阿伯特对此一无所知。博尔赫斯在这篇小说中有一句非常重要的话，重复了多次：“未来提前存在。”我们也可以说，在这名间谍在电话簿上查到阿伯特的住址的那一刻，阿伯特在某种意义上已经死了。博尔赫斯在此揭示了个人命运的荒诞逻辑。最后，间谍来到了范顿，按照事先的设想打死了阿伯特，（他在死的时候，仍然不知道自己为何要被打死）。
阿伯特到底是一个什么样的人呢？小说由此进入了第二个部分，我们把它称为“哲学”部分。阿伯特是一个中国通，对《红楼梦》有着精深的研究，在天津做过传教士。当间谍突然出现在他的花园中时，阿伯特并不知道造访者的隐秘意图，他们于是开始了交谈。小说的故事到这里突然陷入了停顿。这个停顿显示出了作者良好的文体意识以及叙述上的分寸感。马登虽然像影子一样跟随着这个间谍，但他要立刻找到后者，需要一段时间，因此这个停顿在情节安排上是合理的；其次，从阅读效果上来看，读者由于被紧张的故事所牵挂，他们在没有彻底弄清楚故事的来龙去脉之前，保持着足够的耐心，因此，这个停顿为博尔赫斯正面阐述自己的哲学主张提供了保证。这个部分在小说中几乎占据了60%的篇幅（由此也可以看出作者叙事的重心所在），当然这部分内容是通过间谍与阿伯特两人之间的对话来完成的。他们从《红楼梦》谈到迷宫，从一个名叫崔朋的云南总督谈到花园里的分岔的小径，所有这些事物都指向一个核心，那是一个谜语的谜底，是时间。阿伯特有这样一段话特别耐人寻味：
曲径分岔的花园是按照崔朋的想象而描绘出的一个不完整、但也不假的宇宙图象。与牛顿和叔本华不同，您的祖先不相信单一、绝对的时间，认为存在着无限的时间系列，存在着一张分离、汇合、平行的种种时间织成的、急遽扩张的网。这张各种时间的互相接近、分岔、相交或长期不相干的网，它包含着全部的可能性。这些时间的大部分，我们是不存在的；有些时间，您存在而我不存在。这段时间里，给我提供了一个偶然的良机，您来到我的家；在另一段时间里，您穿过花园以后发现我已经死了；在另一段时间里，我说着同样的这些话，可我是个失误，是个幽灵。
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