一九四二年六月，日寇鉴于对我苏中根据地进行的全面“扫dàng”、分区“扫dàng”、乘虚跃进、jiāo通政策等都没有收到效果，再次变换方针，吸取华北铁壁合围和苏南“清乡”的经验、开始对我苏中地区进行“清剿”（又称“机动清乡”）。在政治上，对上层士绅采取争取政策，对乡保长则拢络与威胁并用，对我基本群众和抗日军人家属先胁迫其为日寇办事，不从的则格杀勿论。在经济上，设立统制委员会，统制一切物资，加qiáng对我封锁，在一些重要地区实行“三光政策”。在军事上，实行水陆封锁，然后分进合击一点或多路重围一区，并且如梳篦一样，反复进行，搜捕我工作人员，寻歼我地方和主力部队。苏中斗争形势进一步严酷起来。
面对这一形势，我们认真进行了分析，认为敌人的主要战术手段是分进合击、多路合围，这些都需要高度协同，但日本侵略军深入我根据地作战，等于瞎子、聋子，无法准确侦察和判断我们的行动，又受地形、jiāo通方面的限制，以及沿途遭我民兵、游击队的打击，很难达成合击，而且敌调集机动兵力在一个地区“清剿”，势必造成其他地区的空虚，便于我军其他地区游击战争的开展。至于敌人的残bào，只能激起我军民百倍的复仇怒火。我们决心运用灵活机动的战略战术，发挥人民战争的威力，并且加qiáng敌占区、接敌区工作和敌伪军工作，打破敌人的“清剿”。
日寇于六月十二日开始对第四分区海门、启东地区进行第一期“清剿”。七月上旬对第三分区靖江、泰兴地区进行第二期“清剿”。九月末十月初对第一分区江都、高邮、宝应地区进行第三期“清剿”。我们指示各分区紧密配合，在敌“清剿”区内以地方武装配合民兵就地坚持，与敌纠缠，不断予以袭扰，捕杀敌特、汉jian。主力部队适时跳到“清剿”区外，进行机动作战，特别是向敌人后方和敌人的弱点进攻。于是，各分区的攻势作战此伏彼起，互相策应，互相支援，数月中先后进行的较大战斗有石港攻坚战、海门袭击战、如西反击战、二窎（dia○）歼灭战等。在南通二窎（dia○）镇南的夏（谢）家渡战斗中，我第三旅第七团一举歼灭日军保田大队长以下一百一十名，迫使“清剿”第四分区之敌仓皇收兵。我第三分区的如西县，在敌伪转移兵力对第一分区进行第三期“清剿”时，发动了万余群众围困西河弯伪军据点，不久又组织二万余群众围困水dòng口，一万余群众封锁加力市。我们还实行秘密斗争与公开斗争相结合的方针，开辟和加qiáng了边区、敌占区和敌伪军工作。到十一月，敌人的“清剿”即被基本打破了。
这一时期，随着斗争形势变化，我们对几个方针xing的问题进行了研究和讨论。
第一，关于实行党政军一元化领导问题。当时苏中党政军各级都是分开领导的，为加qiáng统一，协调各方，苏中区设立军政党委员会为最高领导机构。各分区（地区）也设有军政党委员会。党政军配合总的说来是好的，但仍不免有些缺憾。为适应今后形势，我于七月十九日发电，向华中局、新四军军部建议，苏中区从上至下实行党政军一元化领导。
第二，关于改善三结合的武装力量体制问题。苏中军区成立以来，我们一手抓建立和发展地方武装、民兵自卫队，实行主力地方化；一手抓主力部队的发展，相对集结主力，进行机动作战和整训，已经形成了主力部队、地方武装、民兵三结合的武装力量体制。但是，还存在以下问题：一是主力部队长期频繁作战，消耗过大，缺少整训，不利于今后的大发展，二是地方武装数量虽已超过主力，但较多用于执行警备任务，较少用于进击敌人，还不能独立担负起坚持原地斗争的任务；三是苏中今后除第二分区北部可能稍趋缓和外，其余地区特别第三、第四分区将更趋紧张，回旋余地更加狭窄，部队过于拥挤，容易遭受损失。我在七月十九日的同一个电报中，建议抽出一部分主力团，选择较安定的地区进行整训。坚持原地斗争的任务，由留下的部队承担，或将留下的主力团与地方团合并后承担。
我对上述两个问题的意见，得到丕显、文蔚、叶飞、期光诸同志的原则同意。七月二十九日，军部复电原则同意，对实行党政军一元化领导，指出暂宜慎重；对改善武装体制，提出了具体意见。此后又经过反复酝酿，到一九四二年九月经华中局和军部批准，对全师（军区）部队进行统一整编，各旅保留一个主力团（即第一、第四、第七、第五十二团），并予以充实加qiáng，其余主力团实行地方化，与各县团合并，成为地方团的骨gān力量。经过这次整编，使军区有主力在手，随时可以对重要方向实施突击，而各分区、各县也都有较qiáng的武装作为机动兵力，配合区游击队和民兵，担负坚持原地斗争的任务。主力军得到了轮流作战、轮流整训的条件，地方军则大为加qiáng，并在斗争中逐步成长，上升为新的主力。而大量半脱产和不脱产的民兵，成为群众xing抗日游击战争的伟大力量和不断补充壮大我军的源泉。实践证明，这次的整编是成功的。同年十二月，贯彻执行中共中央《关于统一抗日根据地的领导及调整各组织间关系的决定》，经华中局、新四军军部批准，撤销了各级军政党委员会，建立了统一领导的各级党委，作为党政军民的最高领导机构，从而实现了党的一元化领导。苏中区党委由我任书记，陈丕显任副书记。第一地委书记兼第一分区政委韦一平；第二地委书记兼第二分区政委陈时夫；第三地委书记兼第三分区政委叶飞；第四地委书记兼第四分区政委吉洛；兴东泰地委书记huáng逸峰。